日本客人受损的情况下，完全有权利拒绝收货。这不仅是基于合同法的基本原则，也符合国际货物运输中的相关规则。在货物受损或不符合合同约定的情况下，接收方有权拒收，以此来保护自身的权益。
至于李女士的情况，她应根据她与杭州业务部门签订的协议，要求杭州业务部承担赔偿责任。协议中通常会明确各方的权利与义务，以及在出现争议时的处理方式。因此，依据这份协议，李女士可以主张其因业务部未能履行承诺所遭受的损失。
对于物流公司而言，上海分公司并未违反公司的内部规程，因此没有过错。按照公司的业务流程，其操作是合规的。然而，问题的核心在于杭州分公司的业务部门。由于业务部门在超出自身能力范围的情况下，擅自向客户做出承诺，这种行为本质上是一种欺骗行为。正是这种欺骗导致了李女士的损失，因此，杭州分公司的业务部门应当对此承担赔偿责任。
综上所述，无论是日本客人拒绝收货，还是李女士寻求赔偿，关键在于责任的划分。日本客人拒绝收货是基于其权利，而李女士则需通过法律手段，依据与杭州业务部门的协议要求赔偿。而对于物流公司而言，虽然上海分公司没有过错，但杭州分公司的业务部门应为其错误承担赔偿责任，以弥补客户的损失。
