在制定离职管理办法时，为了确保员工离职时能够清理个人工作空间和文件，可以采取以下几个具体措施：
提前通知：在员工离职前，提前通知员工需要清理个人工作空间和文件的时间和方式。可以在员工提交离职申请后，立即发出通知，明确要求员工在离职前多少天完成清理工作。
制定清理标准：明确规定员工需要清理的具体内容，包括个人物品、文件、电子文档等。可以要求员工将个人物品带走、归还公司财产、清空文件柜、电脑文件等。
监督执行：可以安排专人或部门负责监督员工的清理工作，确保员工按照规定进行清理。可以定期检查员工的清理情况，及时发现问题并进行整改。
制定惩罚措施：对于拒绝清理或者未按要求清理的员工，可以制定相应的惩罚措施，例如延迟发放离职补偿、不给予离职证明等。
落实记录：在员工完成清理工作后，及时记录清理情况，包括清理时间、内容、监督人员等信息，作为备案和证据。
案例：某公司制定了离职管理办法，要求离职员工在离职前一周完成个人工作空间和文件的清理工作。公司安排专人负责监督清理工作，定期检查员工的清理情况。一名员工因私人原因拒绝清理，公司依据规定延迟了其离职补偿的发放，并未给予离职证明，最终员工按要求完成了清理工作。
综上所述，规定员工如何清理个人工作空间和文件是离职管理中重要的一环，通过明确规定、监督执行、制定惩罚措施等措施，可以有效地管理员工的离职清理工作，确保公司和员工双方的权益得到保障。