联次不同，专用发票有3联，普通发票则分好几种，1、2、5联都有。发票使用人不同，专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，普通发票由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人使用。作用不同，专用发票可以抵扣进项税，普通发票除特殊情况，是不能抵扣进项税额的。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第十条
下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；
（二）非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务；
（四）国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品；
（五）本条第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。
第十一条
小规模纳税人销售货物或者应税劳务，实行按照销售额和征收率计算应纳税额的简易办法，并不得抵扣进项税额。应纳税额计算公式：
应纳税额=销售额×征收率
小规模纳税人的标准由国务院财政、税务主管部门规定。
第十二条
小规模纳税人增值税征收率为3%。
征收率的调整，由国务院决定。