单位犯罪直接负责的主管人员的认定方法如下：
1、单位犯罪直接负责的主管人员包括单位的法定代表人、单位领导机构的成员和单位的部门负责人；
2、在单位犯罪的不同情况下，这些人员并非一律都是单位犯罪直接负责的主管人员；
3、有时根本不是单位犯罪的直接责任人员，有时不是单位犯罪直接负责的主管人员，而是其他直接责任人员，有时既是单位犯罪直接负责的主管人员，又是其他直接责任人员。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑法》第三十一条【单位犯罪的处罚原则】单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。