低保户在手机上交医保的流程如下：
1、打开“支付宝”在“搜索栏”搜索“社保缴费”；
2、选择所在城市的“社保缴费”，点击“使用服务”；
3、选择“缴费年度”，增加“缴费人员”，点击“下一步”即可缴费；
4、回到“社保”页面，进入“社保查询”可以查询缴费信息。
住院低保报销流程具体如下：
1、符合条件的低收入居民应以家庭为单位，由户主到户籍所在地社区居委会（或村委会）申请享受相关救助，并出具户口簿、收入证明等材料；
2、社区、居（村）委会经办人员协助对申请对象资格作初审、评议、公示等，街道、乡镇社保所负责对申请对象入户调查、审核资格等；
3、区县民政局对符合临时救助条件的家庭，应当在接到审批材料30日之内办结审批手续，不符合条件的应在30日之内书面通知申请人并说明理由。低保、低收入群体拟按照“先保险，后救助”的原则，先依照各自参加的医疗保险险种报销，余下部分可申请医疗救助，即再报销60%。
【法律依据】
《中华人民共和国社会保险法》
第第六十条
用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。 无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。