1.参保对象不同：
职工医疗保险是为用人单位在职职工提供的医疗保障，而农村医保参保对象主要是当地的村民。
2.缴费主体不同：
职工医疗保险是用人单位和社会成员个人共同缴纳医疗保险费，农村医保是由政府组织，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资。
3.缴费方式不同：
医疗保险需要缴纳时间达到一定的年限(一般需要连续缴纳六个月)，用户才可享受报销待遇。新型农村合作医疗是农民自愿参加，需要每年办理参保缴费手续。
4.报销比例不同：
新农合在农村乡镇医院的报销比例最高，到市级以上医院报销比例相对社保较少。职工医保一般在定点医院看病报销比例最高，其它医院报销比例会降低。
法律依据：
《中华人民共和国医疗保障法》 第六条 国务院医疗保障行政部门负责全国的医疗保障管理工作，国务院其他有关部门在各自的职责范围内负责有关的医疗保障工作。县级以上人民政府医疗保障行政部门负责本行政区域的医疗保障管理工作，县级以上人民政府其他有关部门在各自的职责范围内负责有关的医疗保障工作。乡（镇）人民政府、街道办事处根据上级人民政府要求，做好医疗保障相关工作。村（居）委会协助做好医疗保障相关工作。