高速应急车道停车扣6分。
并且罚款200元。违章停车属于违反禁令标志、警告标志、禁止标线、警告标线指示的，一般是扣3分。高速公路的应急车道，是与右侧道路行车道相临，包括硬路肩在内的宽度3米以上，有效长度大于或者等于30米，可以满足机动车停靠需要的路面部分。在紧急的情况下，车辆可以在应急车道上行驶或者停车。
不按规定行驶的处罚标准如下：
1、驾驶机动车在高速公路上不按规定车道行驶的，处罚标准扣3分，罚款50元；
2、驾驶机动车在城市快速路上不按规定车道行驶的，处罚标准扣3分，罚款50元；
3、驾驶机动车在高速公路、城市快速路以外的道路上不按规定车道行驶的，处罚标准不扣分，罚款50元。
综上所述，高速公路违法占用应急车道扣六分。机动车驾驶人驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的，属于交通违法行为，还应处警告或者二十元以上二百元以下罚款。
【法律依据】：
《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条
机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者20元以上200元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。