由于毓婷的服药剂量很小，用药的时间短，人们又只是偶尔用药，所以毓婷的副作用很小。这种药对身体仍然会有影响，尤其是反复多次服用。那么长期使用毓婷会对身体造成什么影响？
与人之间的个体差异很大，少数人服用毓婷后，可能会有轻微的头晕、乳房胀痛、头痛、乏力、恶心，偶尔还可能呕吐，在服药的过程中少吃点东西，倒可以减轻反应。但这样的情况一般不需要治疗，一两天就会慢慢减轻、消失。
毓婷对女性的月经很可能会有一些影响。正常的月经周期中，前半个月经周期，女性体内的激素成分是雌激素，后半个月经周期，女性体内的激素成分变为了雌激素和孕激素。所以，如果是在前半个月经周期内服用毓婷，可能对月经干扰很大，容易出现阴道出血，有的出血量很少，有的却和平时的月经量差不多，皮肤还可能伴有斑点出现，要特别注意;而后半个经期影响则比较少。同时，毓婷还会造成部分女性月经提前或延迟，这都是因为外来的激素改变体内正常的激素水平，使身体的内分泌出现混乱，不需要特别处理。
毓婷的有效果比率很高，失败率仅为2%。多次同房后再服毓婷或服药后再次无防护性交或同时服用消炎药、抗病毒 药、抗结核药、抗惊厥药等，均会影响毓婷的效果。应该说明的是，毓婷作为紧急避孕的专用药，只应在避孕失败或偶尔未采取避孕措施时使用，它不是常规避孕药，不能将其作为常规避孕药使用。如服用毓婷之后再次发生性生活，应采取有效的常规避孕方法。