功能性消化不良疾病诊断为排除性诊断，在临床实际工作中，既要求不漏诊器质性疾病，又不应该无选择性地对每例患者进行全面的实验室及特殊检查。为此，在全面病史采集和体格检查的基础上，应先判断患者有无下列提示器质性疾病的“报警症状和体征”。下面详细介绍。
功能性消化不良的排除性诊断分述如下：
45岁以上的人，近期出现消化不良症状；有消瘦、贫血、呕血、黑粪、吞咽困难、腹部肿块、黄疸等；消化不良症状进行性加重。对有“报警症状和体征”者，必须进行彻底检查直至找到病因。
对年龄在45岁以下的人，且无“报警症状和体征”者，可选择基本的检查如血、尿常规、粪隐血试验、血沉、肝功能试验、胃镜、腹部B超（肝、胆、胰），或先子经验性治疗2～4周观察疗效，对诊断可疑或治疗无效者有针对性地选择进一步检查。
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