首先可以通过观察尾巴来区分巴西龟的公母，雄龟的尾巴较为细长，雌龟的尾巴较为短小。
还可观察通过观察龟壳来判断，雄性腹甲向内凹，雌龟腹甲较为平滑。
也可通过观察巴西龟的生殖器来判断，公龟的泄殖孔离腹甲后缘较远，母龟的泄殖孔离龟甲后缘较近。
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