小林姬鼠的背毛一般为赭色，毛基为深灰色，上端浅棕色，间杂很多上端呈黑色的毛。腹部及四肢内侧毛为灰白色，毛基深灰色，毛尖白色。
小林姬鼠体侧由于间杂少量黑毛，黄棕色较显。头顶、额部及耳朵与背部毛色近同，颊部颜色近似体侧。尾毛二色，背面灰褐色，腹面灰白色。足背和下颌部白色。鼻部呈深灰色。
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