小飞鼠冬夏毛两色，夏毛背面褐灰色，毛基灰黑色，毛尖端棕灰色。在背毛中杂有基部黑色、上段灰色、尖端黑色的针毛，使整个背面呈现灰黑色波纹。
飞膜与体背色基本一致。腹面为灰色，针毛毛基淡灰色，尖端白色。眼眶周围具黑棕色眼圈。耳被淡棕色短毛，四足背面棕色，足蹠被以淡棕黄色毛。尾背、腹有1条深褐色略染灰色的条纹，两侧橙黄色。冬毛较夏毛浅，呈淡黄或黄灰色。
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