企业申报印花税的操作流程如下， 1、打开国家税务总局XX省电子税务局， 2、依次点击菜单【我要办税】—【税费申报及缴纳】—【印花税申报】—【申报】进入企业印花税申报初始化界面。 3、进入申报主界面，根据本单位情况进行填写，点击申报即可。 4、点击税款扣除，并确认扣款。
法律依据：《中华人民共和国印花税暂行条例》 第三条:纳税人根据应纳税凭证的性质，分别按比例税率或者按件定额计算应纳税额。具体税率、税额的确定，依照本条例所附《印花税税目税率表》执行。
应纳税额不足一角的，免纳印花税。
应纳税额在一角以上的，其税额尾数不满五分的不计，满五分的按一角计算缴纳。