1、工作原理不同：磁浮列车是利用电磁力让车体悬浮在轨道之上，并通过电磁力推动车辆运行的交通工具。高速铁路是采用轮轨系统的交通工具，修建客运专线，在上面跑动车组。
2、行驶速度不同：磁浮列车最大的特点是在运行过程中不存在轮轨系统所无法消除的摩擦阻力，只剩下空气阻力，运行速度可以超过400km/h，甚至可以达到600km/h。高铁的运营速度最高为481.2km/h，试验速度是574.8km/h。
3、工程造价不同：上海磁悬浮专线全长29．863公里，造价89亿人民币，单价2.98亿/公里。高铁造价大约为1.3亿/公里。