《国家税务总局关于落实“三证合一”登记制度改革的通知》明确规定了企业办理注销登记的清税程序，包括向税务机关申报清税并填写《清税申报表》，税务机关按职责分别进行清税。同时，通知还提到了适用于简易注销的情况，包括未开展经营活动、无债权债务的企业可以选择简易注销程序。但一些特殊情况不适用简易注销程序，如涉及特别管理措施的外商投资企业、被列入异常名录的企业等。
法律分析
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《国家税务总局关于落实“三证合一”登记制度改革的通知》进一步明确，已实行“三证合一、一照一码”登记模式的企业办理注销登记，须先向税务主管机关申报清税，填写《清税申报表》。企业可向国税、地税任何一方税务主管机关提出清税申报，税务机关受理后应将企业清税申报信息同时传递给另一方税务机关，国税、地税税务主管机关按照各自职责分别进行清税，限时办理。清税完毕后一方税务机关及时将本部门的清税结果信息反馈给受理税务机关，由受理税务机关根据国税、地税清税结果向纳税人统一出具《清税证明》，并将信息共享到交换平台。
适用于简易注销的情况
首先，根据《工商总局关于全面推进企业简易注销登记改革的指导意见》规定，“对领取营业执照后未开展经营活动、申请注销登记前未发生债权债务或已将债权债务清算完结(以下称无债权债务)的有限责任公司、非公司企业法人、个人独资企业、合伙企业,由其自主选择适用一般注销程序或简易注销程序。”
其次，“企业有下列情形之一的,不适用简易注销程序:涉及国家规定实施准入特别管理措施的外商投资企业;被列入企业经营异常名录或严重违法失信企业名单的;存在股权(投资权益)被冻结、出质或动产抵押等情形;有正在被立案调查或采取行政强制、司法协助、被予以行政处罚等情形的;企业所属的非法人分支机构未办理注销登记的;曾被终止简易注销程序的;法律、行政法规或者国务院决定规定在注销登记前需经批准的;不适用企业简易注销登记的其他情形。”
结语
根据《国家税务总局关于落实三证合一登记制度改革的通知》，已实行三证合一、一照一码登记模式的企业办理注销登记时，需要先向税务主管机关申报清税，并填写《清税申报表》。企业可向国税、地税任一方税务主管机关提出清税申报，税务机关应及时传递信息并分别进行清税，清税完毕后税务机关将出具《清税证明》并共享信息到交换平台。简易注销适用于未开展经营活动、无债权债务的企业，但不适用于特殊管理措施、经营异常、股权冻结等情形。
法律依据
中华人民共和国乡镇企业法： 第八条 经依法登记设立的乡镇企业，应当向当地乡镇企业行政管理部门办理登记备案手续。
乡镇企业改变名称，住所或者分立、合并、停业、终止等，依法办理变更登记、设立登记或者注销登记后，应当报乡镇企业行政管理部门备案。
中华人民共和国个人独资企业法：第五章 法律责任 第三十七条 违反本法规定，未领取营业执照，以个人独资企业名义从事经营活动的，责令停止经营活动，处以三千元以下的罚款。
个人独资企业登记事项发生变更时，未按本法规定办理有关变更登记的，责令限期办理变更登记；逾期不办理的，处以二千元以下的罚款。
中华人民共和国个人独资企业法：第五章 法律责任 第三十六条 个人独资企业成立后无正当理由超过六个月未开业的，或者开业后自行停业连续六个月以上的，吊销营业执照。
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