根据相关法律规定，法人代表只是代表公司处理事务，不对公司的债务承担责任，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权，因此纠纷由公司负责。
法律依据：《中华人民共和国公司法》
第三条 公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
第三十五条 公司成立后，股东不得抽逃出资。
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