法律分析：自然人同时在两家公司就职，取得工资薪金收入，分别申报个税是被允许的。第一种是两家公司在扣缴个税时均扣除了基本费用（每月5000，每年 6万）以及专项附加扣除，也均缴纳了社保；第二种是选择在其中一家公司缴纳社保，扣除基本费用和专项附加扣除。
以上两种情况，选择第二种，首选社保只能选择在一家公司购买，其次个税缴纳是需要将两处工资合并计算，也就是基本费用以及专项附加扣除只能扣除一次。如果个人在两家公司均扣除了基本费用以及专项附加扣除，并不违法，只是在年度个税汇算清缴时需要将多扣除的费用加回来，可能会涉及到补税。但是不管基本费用和专项附加扣除是否均在两家扣除了，均需要做个税年度汇算清缴，多退少补。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
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