法律分析：分居两年起诉离婚程序是：
1、原告向人民提交起诉书、副本及相关证据；
2、人民接受原告提交的文件和材料进行审查；
3、经审查起诉符合法律规定和要求，作出受理决定并立案，否则退回原告文件和材料，告知不予受理的理由；
4、开庭审理阶段，主要是审查证据，查明案件，区分是非，确认当事人的权利和义务。
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。
人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
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