公司报税操作流程如下：
1、网站登录进去后，可以根据本单位需要交的税目来填选自动计算税费和税率，点计算，再按保存；
2、然后再继续录入下一个税目，直到需要要交的所有税目录入完毕后，提交缴款申请就可以了；
3、提交缴款申请的第二天最好要登录网上申报系统查询下税款是否已经缴纳，或者查询下单位的基本户是否已经有税款支出。如没扣款成功，则需要去税务局交或直接网上银行扣款；
4、纳税成功后，要在网上打印纳税申报表，一式两份，单位留一份存档，另一份盖上公司公章上报给税局，这样网上的纳税申报的流程就结束了。
法律依据：
《中华人民共和国企业所得税法》
第五十三条
企业所得税按纳税年度计算。纳税年度自公历1月1日起至12月31日止。
企业在一个纳税年度中间开业，或者终止经营活动，使该纳税年度的实际经营期不足十二个月的，应当以其实际经营期为一个纳税年度。
企业依法清算时，应当以清算期间作为一个纳税年度。
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