保护改制企业小股东的合法权益的方法如下：
1、在公司法强制性规定的情况下，在章程中可制定更为严格的规定，以制约大股东的行为。
2、针对公司法中章程规定的诸如股东的权利和义务等规定得较为简单或不完善的地方可以细化，具有可操作性。
3、建立公司财务、政务公开制度。
4、赋予普通股东更多的知情权、调查权。
5、对公司董事、经理违反《公司法》第六十条的强制性规定时，可对其作出相应的处罚措施。
一、公司与合伙企业有什么区别
公司与合伙企业的区别如下：
1、建立的法律基础不同，合伙企业以全体合伙人意思表示一致的合伙协议为法律基础，对合伙协议的订立者具有约束力；公司以章程为基础；
2、法律地位不同，合伙企业不具备法人资格，合伙企业的财产一般由所有合伙人共有；公司具有独立的法人资格，不同于股东财产；
3、经营方式不同，合伙企业合伙事务的执行一般可以由合伙协议或全体合伙人决定，一个或几个合伙人可以委托代表合伙企业执行合伙事务；公司有比较健全的管理机构，一般由公司法定代表人代表公司处理；
4、退出机制不同，在合伙企业中，对合伙人想退出转让其出资的财产有严格的限制。合伙人转让合伙企业的全部或者部分财产份额时，应当通知其他合伙人。相比之下，有限公司的股东向公司内部其他股东转让股份时，不需要任何其他股东的同意。而且想要对外转让股份也不需要全体股东同意，只需要其他股东超过一半的同意即可。
根据《中华人民共和国公司法》规定，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
二、如何把现有有限公司变更为股份有限公司
有限公司变更为股份有限公司需遵循如下的步骤：
1、董事会拟定公司整体变更方案
公司整体变更时，首先应当由公司董事会拟定出变更公司形式的方案，将公司变更的目标、依据及其他技术性问题作出初步的规划和设计。
2、股东会作出决议
公司整体变更是公司的重大事宜，根据《公司法》第四十四条的规定，必须有股东会作出特别决议，该决议必须经代表2/3以上表决权的股东通过。
3、变更公司章程
变更公司章程是公司组织形式变更的必须程序，公司章程的变更必须经代表2/3以上表决权的股东通过，并经公司登记机关审查登记后，章程的变更才发生法律效力。
4、股份折换或募集
有限责任公司在修订公司章程后，应依据章程的规定将原股东的出资额折合成股份有限公司的股份，折合的股份总额应不高于公司净资产额。在将原股东的出资额全部折合成股份后，仍有增资必要的，经国务院批准，可以向社会公开募集股份，但必须严格依照《公司法》有关向社会公开募集股份的规定办理。
5、向公司登记机关办理变更登记
在上述步骤结束以后，董事会应向公司登记机关申请公司变更登记，经公司登记机关核准登记，取得公司登记机关换发的营业执照，公司整体变更的工作即告结束。
【本文关联的相关法律依据】
《公司法》第二十条，公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；
不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。
公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。
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