分公司的清算是可以由总公司进行负责的。分公司实质上属于总公司的分支机构，其债权债务实质上也就属于总公司的债权债务，总公司应当承担相应的民事法律责任。
一、分公司独立核算还是非独立核算？
在我国分公司的分支机构该独立核算还是非独立核算由总公司决定。分公司有自己管理的财产，能够以自己的名义从事民事活动。但分公司不具有法人资格，从事民事活动，产生的民事责任由总公司承担，是否独立核算由总公司决定。
二、分公司独立法人和非独立法人的区别
独立法人指能够以本人的名义独立的进行民事活动，以本人的财产独立的承担民事责任的组织。非独立法人，是指没有本人的独立财产，不具有法人资格，不独立承担民事责任，不是民法意义上的公司。分公司是总公司的分支机构，不具备独立法人资格，也就是说其不能独立的行使权力及义务(属于非独立核算)，分公司的权限要看总公司授权的范围有多大。
三、总公司债务分公司需要承担吗
总公司债务不能由分公司承担。分公司只是总公司的分支机构，其不具有独立的法人资格，也没有独立的法人财产，它是不能独立承担民事责任的。也就是说分公司的债务尚且需要总公司来承担，所以对于总公司的债务分公司是不需要承担的，而且它也没有承担债务的独立法人资格。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
第十五条
公司可以向其他企业投资；但是，除法律另有规定外，不得成为对所投资企业的债务承担连带责任的出资人。
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