事实劳动关系的解除方式如下：
1、劳资双方同意解除劳动关系。
2、如果企业公司能够与劳动者达成一致意见，全都同意解除劳动关系的，那么依法事实劳动关系解除。
3、劳动者过失被解雇或者被公司开除。劳动者主动提出解除劳动关系。
哪些情况下可以解除事实劳动关系：
存在事实劳动关系的用人单位和劳动者，双方都可以提出解除劳动关系，不需要提前三十日通知。但用人单位需要向员工支付经济补偿金和双倍工资，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
辞职与辞退的补偿区别：
1、行为主体：辞退由用人单位解除劳动合同；主动辞职由劳动者提出解除劳动合同；
2、程序不同：过失性辞退用人单位可以单方面解除劳动合同；主动辞职劳动者需要提前30天以书面形式通知用人单位，试用期内提前三天。
辞职即辞去职务，是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为，辞退是用人单位解雇职工的一种行为。
综上所述，事实劳动关系解除办法：用人单位与劳动者协商一致解除；劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位解除，在试用期内提前三日通知用人单位；劳动者存在过失性辞退情形，用人单位单方面解除；劳动者存在非过失性辞退情形，用人单位提前一个月通知劳动者或者支付代通知金后解除；其他。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动法》第二十四条
经劳动合同当事人协商一致，劳动合同可以解除。
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