发生运输合同纠纷的处置方法1、双方可以进行协商。发生运输合同纠纷后，在大多数情况下双方都会考虑到多年的合作关系，会各退一步，争取双方达成一个好的协商结果，在这基础上达成和解协议，从而解决纠纷；2、调节。如果双方之间进行了长时间的协商还是没有解决，可以要求有关机构来进行调解的。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第三百一十二条 货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定;没有约定或者约定不明确，依照本法第六十一条的规章仍不能确定的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。法律、行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规章的，依照其规章。
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