公司惩罚员工深蹲不合法。公司领导体罚员工，首先违反了劳动法和劳动合同法的规定；其次涉嫌违反了治安处罚法和刑法。
单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。作为劳动者一方，有履行提供劳动的义务，也有对企业的忠诚的附随义务；作为用人单位一方，有保障劳动者在提供劳动的过程中身体健康和人格尊严不受侵害的义务。这是双方法定的权利义务。用人单位在制定、修改或者决定直接涉及劳动者切身利益的劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
【法律依据】：《中华人民共和国劳动法》第九十六条
用人单位有下列行为之一，由公安机关对责任人员处以十五日以下拘留、罚款或者警告；构成犯罪的，对责任人员依法追究刑事责任：
（一）以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动的；
（二）侮辱、体罚、殴打、非法搜查和拘禁劳动者的。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容