BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍:
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。 下面是具体操作方法
1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种(如人,小鼠,水稻等),也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。
2,粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。
3,blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值,E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。
4,注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。
5,blast结果的图形显示。没啥好说的。
6,blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了,E值越小也是这样。
7,blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项,E值(Expect),一致性(Identities),缺失或插入(Gaps)。加上长度的话,就有四个标准了。如图中显示,比对到的序列长度为1405,看Identities这一值,才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp(看上面的图),就说明比对到的序列要长一点。由Qurey(起始1)和Sbjct(起始35)的起始位置可知,5'端是是多了一段的。有时也要注意3'端的。
附:
E值(Expect):表示随机匹配的可能性,E值越大,随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了。
一致性(Identities):或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数。 缺失或插入(Gaps):插入或缺失。用\"—\"来表示。
安全标识牌合同
甲方:×××××× 地址:×××××× 联系人:×××××× 联系电话:××××××
乙方:×××××× 地址:×××××× 联系人:×××××× 联系电话:××××××
甲乙双方本着平等自愿、互惠互利的原则,根据《经济合同法》等有关法规,签订以下合同与之共同遵守。 一、
产品名称、用途、尺寸、材质、数量、单价、及总金额
用 途 尺寸/cm 材 质 数量 单价 单个总价 编名 称 号 合计 二、 三、
设计要求:以甲方签字确认的样本或图稿为依据。 材料要求:按材质栏所写材料。
四、 五、 六、
交货日期:乙方在收到甲方签字定稿后 30 日内交货。 交货地点:以甲方指定地点为准。 货款的支付:
1、自本合同签字之日起,甲方支付订金人民币(大写) 元整,收到货品,
验收合格 15 个工作日内支付合同余额即人民币(大写) 元整。
2、乙方收款时,需要出具足额的合法发票,否则甲方有权暂停付款。 3、若甲方延误付款,乙方有权暂停或终止合同,造成的一切后果由甲方承担。 七、
涉及版权及商标侵权责任:
甲方拥有标识牌的版权和复制权,未经甲方同意,乙方不得将合同约定的产品给第三人,否则将赔偿甲方因版权问题所造成的一切损失。 八、
质量检验标准:
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2、产品以甲方签字确认的样品为依据,最终判定以中华人民共和国有关行业标准为准。
3、乙方有责任对不合格产品进行调换、重做、退货、调换、重做时间不得超过甲方的规定时限,否则应赔偿甲方由此造成的经济损失。 九、
其他
1、因甲方所提供样稿不准确,或不全而需改后造成工期延误,导致乙方不能按时交货,责任由甲方承担,双方协商更改交货日期。
2、因不可抗拒的外力因素造成乙方不能正常交货,由双方重新协商解决。 3、因乙方直接原因造成交货期延误,由乙方负责。
4、若一方提前解除合同,需提前15天通知对方,由双方协商解决相关解除事宜;如因乙方上调价格,甲方有权随时终止本合同,且不承担任何违约责任。
5、本合同未尽事宜,双方协商解决,协商不成,双方同意由甲方所在地人民法院管辖。
6、本合同附件、补充协议与本合同具同等法律效力。
7、本合同正本一式贰份,经双方签字盖章后生效,甲乙双方各执壹份,具同等法律效力。
甲方(盖章): 乙方(盖章): 经办人: 经办人: 联系电话: 联系电话:
本合同签订时间:××××年××月××日
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